Türbe II. Mehmet zamanında yapılmış olsa da, pek çok onarım geçirmiş, değişikliğe uğramıştır.Kefeki taşından sekizgen planlı, kubbeyle örtülü bir yapı olan türbe orjinalliğini korumaktadır.Avluya bakan bir hacet penceresi, bunun yanında da bir kapısı vardı, bunların üzeri avluya doğru taşan bir saçakla örtülüdür.

       Türbenin aslı çok yalın olmakla birlikte, bu gün hem içi, hem de avluya bakan duvarı 15. yy. dan 18. yy. a değin çeşitli dönemlere ait çinilerle bezelidir. Eyüp Sultan Türbesi Müslümanlarca en kutsal yerlerden biri sayıldığı için, yapıldığından beri sürekli ziyaret edile gelmiştir.Osmanlı padişahları da gerek türbeye, gerekse camiye çok önem vermişler; sıkça onartmışlar ve değerli armağanlar sunmaya özen göstermişlerdir.Padişahların tahta çıkarken Eyüp Sultan Türbesi’ni ziyarete gelerek burada kılıç kuşanmaları da V. Mehmed Reşad’a değin gelen bir gelenek olmuştur.Türbe İstanbul’da yapılan ilk islam eseri olma özelliğini de taşımaktadır.Zaman içinde türbe kapısının yenilenmesine söylenen şu dizeler Sultan I.Abdülhamid’in emri ile kapı üzerine yazılmıştır.

“Şefa’at kast ider
İhlasla ol bab’da Hakk’a
Bu cay’i pake Han
Abdülhamid yapdı der-i vala” 1200(1786)
       1819’da Mahmud II. nin armağanı olan atlastan sanduka örtüsü üzerinde hat ustası Rakım efendi’nin yazıları vardır.Türbedeki levhalar, Mustafa İzzet Efendi, Celalettin Efendi Gibi hattatların yanı sıra Ahmet III, Mahmut II gibi sultanlara aittir.Türbe içinde yazılı olan bir çok levha ve kitabeler dışında, hacet penceresinin iç kısmına bir hadis-i şerif yazılmıştır ki anlamı şudur:’’Devemi kendi haline bırakınız.Zira kendine düşen görevi yapmağa memur edilmiştir.O da gitti, Ebu Eyyub’un kapısı önüne çöktü.’’İç avluda bulunan ve türbe medhaline açılan kemerli kapının üzerinde ‘’Tac’ül Tevarih’’ yazarı Hoca SA’düddin Efendi’nin oğlu ve 26. Şeyhülislam Mnehmet Es’at Efendi’nin Hz.Eyüpsultan hakkında yazdığı 36 mısralı arapça bir kitabesi bulunmaktadır.